Botanická sekce vznikla v roce 1986 při tehdejším Poradním sboru Správy CHKO Bílé Karpaty a od té doby se setkání konají každoročně. Z původních sedmi zakladatelů se rozrostla na více než 70 zvaných zájemců. Patří k nim zástupci několika univerzit (Masarykova univerzita Brno, Jihočeská univerzita České Budějovice, Univerzita Palackého Olomouc, Karlova univerzita Praha, Mendelova univerzita Brno, Univerzita J. A. Komenského Bratislava), České a Slovenské Akademie věd i orgánů ochrany přírody a nevládních organizací.
V prvních letech byla pozornost zaměřena na základní průzkum území, zpracování regionálního červeného seznamu a probíhaly diskuse o managementových zásazích. V současnosti má setkání podobu pracovní konference, při které jsou prezentovány výsledky v území probíhajících grantů, výzkumů a řešených studentských prací, a to z obou stran pohoří.
V pátek 2. 2. 2024 proběhlo ve Veselí nad Moravou tradiční setkání amatérských a profesionálních botaniků a ochránců přírody s názvem Botanická sekce. Akce poprvé proběhla v nově zrekonstruované budově Domu přírody Bílých Karpat na Bartolomějském náměstí. Setkání se zúčastnilo 55 příznivců přírody a probíhalo až do nočních hodin, kdy k poslechu hrála cimbálová muzika.
Dne 27. 1. 2023 proběhlo ve Veselí nad Moravou tradiční setkání amatérských a profesionálních botaniků a ochránců přírody s názvem Botanická sekce. Akce po dvouleté pauze proběhla v Městském muzeu na Bartolomějském náměstí, jelikož v sídle ČSOP stále probíhala výstavba Domu přírody.
Dne 31. 1. 2020 proběhlo ve Veselí nad Moravou tradiční setkání amatérských a profesionálních botaniků a ochránců přírody s názvem Botanická sekce. Bylo zde předneseno 16 prezentací o různých botanických tématech a také o nových floristických nálezech v Bílých Karpatech za rok 2019. Setkání probíhalo až do nočních hodin a k poslechu zahrála cimbálová muzika. Akce se zúčastnilo 66 účastníků.
Dne 1. 2. 2019 proběhlo ve Veselí nad Moravou již třicátétřetí tradiční setkání amatérských a profesionálních botaniků a ochránců přírody, kteří pracují na území Bílých a Bielých Karpat.
Během této akce došlo k udělení tří vyznamenání „Příroda děkuje“, které uděluje Český svaz ochránců přírody za významný přínos k ochraně přírody a kulturního dědictví. Oceněni byli doc. Ing. Milan Králíček, CSc., Ing. Václav Tetera, Csc. a Ladislav Tomčala. Další informace o udělených oceněních jsou zde.
Z této akce byl vyhotoven záznam Televizí Slovácko, který můžete od 1:46 minuty zhlédnout zde.
Akce se zúčastnilo 69 účastníků.
Botanická sekce 2018
Dne 2. 2. 2018 proběhla ve Veselí nad Moravou akce, které se zúčastnilo 65 profesionálních i amatérských botaniků (i zoologů) z České a Slovenské republiky, Akademie věd, AOPK, ČSOP i dalších organizací. Bylo předneseno 14 prezentací o výsledcích nejen botanického bádání v roce 2017 na obou stranách pohoří. Důležitá byla výměna informací i plánování další činnosti, které probíhalo do pozdních nočních hodin, podbarveno cimbálovou muzikou Jendy Holubíka. Akce se zúčastnilo 51 účastníků.
Od roku 2018 tato akce probíhá ve spolupráci Českého svazu ochránců přírody - ZO ČSOP Bílé Karpaty a Agentury ochrany přírody a krajiny ČR, Správy CHKO Bílé Karpaty.
Botanické sekce byly podpořeny Českým svazem ochránců přírody v rámci Programu "Ochrana biodiverzity", které pravidelně finančně podporují Ministerstvo životního prostředí a Lesy České republiky, s.p. - generální partner programu a Nadace Ivana Dejmala pro ochranu přírody.